Η θεραπεία θα εξαρτηθεί ανάλογα με την αιτιολογία. Για παράδειγμα αν μιλάμε για ένα παιδί με νευρογενή ανορεξία, τότε το θέμα δεν είναι ενδοκρινολογικό αλλά παιδοψυχιατρικό.
Αν πρόκειται για περίπτωση που υπολειτουργεί ο υποθάλαμος και η υπόφυση, και καμιά φορά αυτό μπορεί να γίνει προσωρινά, όπως στην περίπτωση των παιδιών που κάνουν πρωταθλητισμό, μπορεί κανείς ίσως να περιμένει ή να συστήσει ορμονική υποκατάσταση.
Αν όμως στην περίπτωση της διαγνωστεί υπογοναδοτροπικός υπογοναδισμός (που είναι αρκετά σπάνια κατάσταση) όταν δυσλειτουργεί το σύστημα υποθάλαμος-υπόφυση τότε θα πρέπει να γίνει και μαγνητική τομογραφία για να σιγουρευτούμε ότι δεν υποκρύπτεται κάποια ανατομική ανωμαλία της περιοχής.
Ένα τέτοιο παράδειγμα είναι το προλακτίνωμα, ένα αδένωμα της υπόφυσης που παράγει μεγάλη ποσότητα προλακτίνης. Είναι σπάνια στα παιδιά και συνάντάται συχνότερα σε ενήλικες με δευτεροπαθή αμηνόρροια. Ωστόσο μπορεί να εμφανιστεί και σε εφήβους κοντά στην ηλικία των 16 ετών με απουσία περιόδου, τη λεγόμενη πρωτοπαθή αμηνόρορια. Τα προλακτινώματα απαντούν καλά στα φάρμακα.
Η καθυστέρηση της ήβης όμως μπορεί να οφείλεται σε δυσλειτουργία των ωοθηκών ή των όρχεων για παράδειγμα κάποια γενετικά σύνδρομα όπως στην περίπτωση των κοριτσιών το σύνδρομο Τurner ή το λεγόμενο σύνδρομο Klinefelter στην περίπτωση των αγοριών, και σε αυτή την περίπτωση προχωρούμε σε επαγωγή της εφηβείας με ορμόνες αρχικά με οιστρογόνα και στη συνέχεια με προσθήκη προγεστερόνης στα κορίτσια και στα αγόρια με τεστοστερόνη.
